Nuestro Grupo.

La aplicación de metodologías de secuenciación automatizada de DNA ha permitido determinar la secuencia nucleotídica de un gran número de genes, por lo que en la última década, la información contenida en las bases de secuencias nucleotídicas y de aminoácidos ha tenido un crecimiento exponencial. A la fecha, se ha determinado la secuencia nucleotídica de cerca de cuarenta (mil millones de pares de bases -revisar este dato o verificar cuantos genomas estan total o parcialmente secuenciados), de donde se ha deducido la secuencia de aminoácidos de más de treinta millones de péptidos y se calcula que en cinco años, el tamaño de dichas bases sea diez veces mayor. Aunado a lo anterior, se han secuenciado en su totalidad más de ciento ochenta genomas en los que se incluyen organismos del reino Eubacteria, Archaeabacteria y Eucaria. Asi mismo, la secuenciación del Genoma Humano constituye un punto de referencia importante en la actual era pos-genómica.

 

Nuestro grupo se ha caracterizado por estudiar y aportar evidencias de diferentes elementos que intervienen en la regulación de la transcripción en varios niveles y su conservación en otros genomas. Adicionalmente a este conocimiento existen en la literatura y en bases de datos (ref) información sobre la caracterización de otros elementos que participan en la regulación de la transcripción que nos permitan generar modelos matemáticos más completos del comportamiento celular en este nivel de representación .

 

 

Verificación experimental de las predicciones generadas con nuestro análisis teórico, relativas a las señales de regulación en operones bacterianos.

Identificación teórica y computacional de elementos reguladores de la expresión genética a lo largo de todos los phyla como: curvatura estática del DNA, superenrollamiento del DNA genómico, atenuadores y terminadores transcripcionales, sitios de pegado al DNA de factores transcripcionales, tanto en las familias de genes ortólogos de diferentes organismos bacterianos, como el del conjunto de genes pertenecientes a regulones dentro de un mismo organismo. Así como la identificación computoacional de proteínas parálogas en las familias de COG
       
Fuentes de Financiamiento:      
CONACyt: 60127 Proyecto Dr. Enrique Merino "Identificación in silico y caracterización molecular, estructural y cinética de elementos de regulación de la expresión genética basada en riboswitches".
 
CONACyt: 58840 Proyecto Dra. Rosa Ma. Gutierrez "Generación y comparación de modelos de regulación transcripcional para la red de Escherichia coli y Bacillus subtilis y su consistencia con análisis de datos de expresión global y experimentos de PCR en tiempo real".
 
CONACyt Salud :68992Proyecto Dr. Enrique Merino "Riboswitches como blancos de nuevos agentes antimicrobianos"
 
DGAPA: IN215808 Proyecto Dra. Rosa Ma. Gutierrez "Generación de modelos de regulación de la transcripción en Bacillus subtilis y Escherichia coli, análisis comparativo y su corroboración experimental".
 
DGAPA: IN212708 Proyecto Dr. Enrique Merino "Análisis de curvatura estática del DNA genomas y metagenomas.
 
El análisis computacional fue realizado en el cluster donado por: "Macroproyecto de Tecnologías de la información y la computación de la UNIVERSIDAD NACIONAL AUTONOMA DE MEXICO".
Contactar a:   Dr. Enrique Merino